污水生物除磷的原理就是人為創造生物超量除磷過程，實現可控的除磷效果。整個過程必須通過創造厭氧與好氧交替環節利用聚磷菌的作用來實現生物除磷過程。
一、聚磷菌除磷機理
聚磷菌也叫做攝磷菌、除磷菌，是傳統活性污泥工藝中一類特殊的細菌，在好氧狀態下能超量地將污水中的磷吸入體內，使體內的含磷量超過一般細菌體內的含磷量的數倍，這類細菌被廣泛地用于生物除磷。
1）厭氧條件下釋磷
在沒有溶解氧或硝態氮存在的條件下，兼性細菌通過發酵作用將可溶性BOD5轉化為低分子揮發性有機酸VFA。聚磷菌吸收這些發酵產物或來自原污水的VFA，并將其運送到細胞內，同化成胞內碳能源儲存物質PHB，所需的能力來源于聚磷的水解以及細胞內糖的酵解，并導致磷酸鹽的釋放。
pH做為基本的污水指標，勢必成為供求的熱點，這對廣大的E-1312 pH電極，S400-RT33 pH電極制造商，比如美國BroadleyJames來說是個重大利好。美國BroadleyJames做為老牌的E-1312 pH電極，S400-RT33 pH電極制造商，必將為中國的環保事業帶來可觀的經濟效益。我們美國BroadleyJames生產的E-1312 pH電極，S400-RT33 pH電極經久耐用，質量可靠，測試準確，廣泛應用于各級環保污水監測以及污水處理過程。
2）好氧條件下攝磷
好氧條件下，聚磷菌的活力得到恢復，并以聚磷的形式存儲超過生長所需的磷量，通過PHB的氧化代謝產生能量，用于磷的吸收和聚磷的合成，能量以聚磷酸高能鍵的形式捕集存儲，磷酸鹽從水中被去除。
3）富磷污泥的排放
產生的富磷污泥通過剩余污泥的形式排放，從而將磷去除。從能量角度來看，聚磷菌在無氧條件下釋放磷獲取能量以吸收廢水中溶解性有機物，在好氧狀態下降解吸收溶解性有機物獲取能量以吸收磷。
除磷的關鍵是厭氧區的設置，聚磷菌能在短暫的厭氧條件下，由于非聚磷菌吸收低分子基質并快速同化和儲存這些發酵產物，即厭氧區為聚磷菌提供了競爭優勢。
這樣一來，能吸收大量磷的聚磷菌就能在處理系統中得到選擇性增殖，并可通過排除高含磷量的剩余污泥達到除磷的目的。這種選擇性增殖的另一好處是抑制了絲狀菌的增殖，避免了產生沉淀性能較差的污泥的可能，因此厭氧/好氧生物除磷工藝一般不會出現污泥膨脹。
二、聚磷菌代謝的影響因素
生物除磷中通過聚磷菌在厭氧狀態下釋放磷，在好氧狀態下過量地攝取磷。經過排放富磷剩余污泥而除磷，其影響聚磷菌代謝的影響因素包括：溫度、pH值、厭氧池DO、厭氧池硝態氮、泥齡、CP比、RBCOD含量、糖原、HRT等。
1、溫度
溫度對除磷效果的影響不如對生物脫氮過程的影響那么明顯，在一定溫度范圍內，溫度變化不是十分大時，生物除磷都能成功運行。試驗表明，生物除磷的溫度宜大于10℃，因為聚磷菌在低溫時生長速度會減慢。
2、pH值
在pH在6.5一8.0時，聚磷微生物的含磷量和吸磷率保持穩定，當pH值低于6.5時，吸磷率急劇下降。當pH值突然降低，無論在好氧區還是厭氧區磷的濃度都急劇上升，pH降低的幅度越大釋放量越大，這說明pH降低引起的磷釋放不是聚磷菌本身對pH變化的生理生化反應，而是一種純化學的“酸溶”效應，而且pH下降引起的厭氧釋放量越大，則好氧吸磷能力越低，這說明pH下降引起的釋放是破壞性的，無效的。pH升高時則出現磷的輕微吸收。